キャラが一人消えて、そのキャラをリーダーにすると画面真っ暗の所にいる。そのままにすると、数秒後にフリーズ。

控えと交代しても直らず。戦闘参加キャラの枠の一つのキャラ座標データが恐らく死んでる。
ストーリー上のメンバーの入れ替え時にリセットのチャンスがあるみたいなので、
入れ替え後にリーダーになるキャラ（多分殆ど主役と思われる）を控えに入れたりして、キャラの再配置が起こるようにシナリオを進行させれば多分復帰出来る。

俺の場合は、上から戦闘参加枠1、2、3とすると、枠1が死亡していてそこは主役だったが、そのまま進行させると、真っ暗でスタートして後にフリーズ。
主役を控えに入れて進行させた所、復帰出来た。
他にもバグがあるって言うし、対策が来るまで交互セーブ必須だな。