昔ながらの綿布団（分厚くてズッシリしてる布団）なら毛布を下に。
軽い羽布団なら毛布を上にしたほうが暖かい。

ただし毛布が起毛がフサフサしてて重みのあるやつ（保温効果が高い高級品）だったり、
羽布団が古くなってぺたんこだったら、羽布団でも毛布が下の方がいい事もある。
綿布団は本当はどっちでもいいらしいけど、
寝入る時に綿布団の表面が冷たい空気を持っててひんやりするので毛布で緩和するとかあるらしい。

以上寝具売り場に20年勤めた俺の母ちゃんの豆知識。

#1が言いたいことをすべて言ってくれた。

夏用の薄い掛け布団をそのまま冬も使おうとすると、重し代わりになるので、毛布が上でも良い。
しかし、冬用の布団と夏用の布団は元々違うし、毛布は空気を含んで体温を逃さぬ構造なので、掛け布団の下に敷き、更に寝間着を着て潜り込むのが寒い冬における部屋での寝方だった。