映画を見ただけで、本は一回も読んだこと無いんだが、どういう構成になってるの？
主人公は本を読んでる少年？それともあの映画に出てくる本そのもの？

映画と同じだよ。
本を手にして読んでいる少年と、
その物語中の主人公(アトレーユ)の物語が交互に進行してる。
原作では文字の色を変えて切り替えてた。
前半はほぼアトレーユが主人公、後半はその少年(バスチアン)が主人公。
一作目の映画は前半で終わってるね。